Der pKa einer Aminosäure hängt von ihrem Typ, ihrer Gruppe und ihren Seitenketten ab. Wenn Lysin beispielsweise Teil der Carbonsäuregruppe ist, hat es einen pKa von 2,18, verglichen mit einem pKa von 8,95, wenn es Teil der Aminogruppe ist, und 10,53 mit Seitenketten.
In der Carbonsäuregruppe haben die meisten Aminosäuren pKa-Werte von knapp über 2, wobei nur Histidin mit einem pKa-Wert von 1,77 unterschritten wird. Eine Säure mit einem pKa-Wert unter 2 wird als starke Säure angesehen, während diejenigen darüber als schwache Säuren gelten. Aminosäuren in der Aminogruppe haben pKa-Werte im Bereich von hohen 8er bis niedrigen 10er.
