Der Kaiserpinguin steht ganz oben in der Nahrungskette und ernährt sich von Fisch, Krill und Tintenfisch. Nur große Meeressäuger ernähren sich vom Kaiserpinguin, einschließlich Haien.
Der Kaiserpinguin ist agil und stark im Wasser, beides Eigenschaften, die ihn zu einem guten Raubtier machen. Es ist ein großartiger Taucher, der tiefer tauchen kann als andere Vögel; Rekorde für Kaiserpinguin-Tauchgänge reichen bis zu 1.750 Fuß. Der Kaiserpinguin verbringt normalerweise etwa fünf Minuten oder weniger am Stück unter Wasser und taucht nur mehrere hundert Fuß unter die Oberfläche. Dieser Pinguin kann schnell schwimmen, wenn er nach seiner Beute taucht.