Die Funktion einer Mikropyle unterscheidet sich geringfügig, je nachdem, ob sie in der Botanik oder Zoologie verwendet wird. In der Botanik bezieht sich eine Mikropyle auf jede Öffnung in der äußeren Schicht einer Eizelle. Diese Öffnung ermöglicht es Pollen, die Pflanze zu befruchten. In der Zoologie ist es eine Pore in der Membran einer Eizelle.
Eine Mikropyle in der Membran der Eizelle ermöglicht es einem Spermium, in die Eizelle einzudringen. Sowohl bei Pflanzen als auch bei Tieren dient eine Mikropyle als Öffnung, die es einem Düngemittel ermöglicht, in das Ei oder die Eizelle einzudringen und mit ihr zu interagieren. Der Ursprung des Wortes lässt sich zwischen 1815 und 1825 datieren und hat seine Wurzeln in der griechischen Sprache.