Es gibt vier Ernährungsweisen für das Königreich Eubakterien: Photoautotrophe, Chemoautotrophe, Photoheterotrophe und Chemoheterotrophe. Jeder von ihnen hat eine andere Kombination von Wegen, um Energie und Kohlenstoff zu gewinnen.
Photoautotrophe sind Organismen, die ähnlich wie Pflanzen Photosynthese betreiben und Licht zur Energieerzeugung und Kohlendioxid zur Erzeugung von Kohlenstoffverbindungen verwenden. Chemoautotrophe verwenden auch Kohlendioxid, um Kohlenstoffverbindungen herzustellen, aber sie verwenden anorganische Chemikalien eher als Energiequellen als als Licht. Photoheterotrophe beziehen ihre Energie aus Sonnenlicht, nehmen aber auch organische Kohlenstoffverbindungen als Kohlenstoffquelle auf. Chemoheterotrophe beziehen sowohl ihre Energie als auch ihren Kohlenstoff durch die Aufnahme organischer Chemikalien. In jedem Fall kann die Energiequelle bei der Energiegewinnung durch den Stoffwechsel von Chemikalien als Elektronendonor bezeichnet werden, und die Verarbeitung dieses Donors erfordert normalerweise einen Elektronenakzeptor, am häufigsten Sauerstoff.
Bakterien, die zur Energiegewinnung auf die Aufnahme von Chemikalien angewiesen sind, können entweder von Sauerstoff abhängig sein oder andere Elektronenakzeptoren verwenden. Bakterien, die aus chemischen Verbindungen ohne Sauerstoff Energie gewinnen, verwenden entweder anaerobe Atmung oder Fermentation. Die anaerobe Atmung erfordert die Verwendung alternativer Elektronenakzeptoren wie Nitrate, Sulfate oder Kohlendioxid. Bakterien, die anorganische Verbindungen zur Energiegewinnung verwenden, können auch häufig Wasserstoff, Kohlenmonoxid, Ammoniak oder reduzierte Metalle verwenden. Bei der Fermentation wird kein alternativer Elektronenakzeptor verwendet, sondern Abfallprodukte wie Ethanol oder Milchsäure produziert.
