Einige Zellen, darunter Euglenas und verschiedene Bakterienarten, verwenden schwanzartige Fortsätze, die Flagellen genannt werden, um sich über eine Oberfläche zu bewegen. Andere Zellen, einschließlich Paramecia, verwenden zahlreiche haarähnliche Vorsprünge, die Zilien genannt werden, um sich fortzubewegen.
Zellen können eine oder mehrere Flagellen aufweisen. Manchmal befinden sich alle Geißeln auf einer Seite des Organismus, manchmal sind sie auf zwei oder mehr Seiten verteilt. Die meisten Arten, die Flagellen haben, verwenden ein Flagellum, um sich selbst zu ziehen, anstatt über eine Oberfläche zu schieben. Sie neigen dazu, sich in einem korkenzieherähnlichen Muster zu bewegen. Flagellen sind durch Strukturen, die als Axonem bekannt sind, in Zellen verankert. Da die Flagellum ein lebender Teil der Zelle ist, braucht sie Nährstoffe, um zu überleben. Diese Materialien werden durch das Axonem und in das Zytoplasma innerhalb des Flagellums geleitet.
Zilien sind winzige Vorsprünge, die im Allgemeinen die gesamte Oberfläche einer Zelle bedecken. Eine einzelne Zelle kann Tausende von Zilien haben. Sie bewegen sich in einer koordinierten Ruderbewegung hin und her, um die Zelle über eine Oberfläche zu treiben. Wie Flagellen bestehen Zilien hauptsächlich aus Proteinen. Einige Arten verwenden ihre Flimmerhärchen auch zu anderen Zwecken als zur Fortbewegung. Zum Beispiel können sich die Flimmerhärchen so bewegen, dass sie Nahrung in eine Mundhöhle drücken oder anstößige Partikel von der Zelloberfläche wegtreiben.