Die Mansoura University erklärt, dass die Endprodukte der Proteinverdauung im Dünndarm Aminosäuren sind. Die Aminosäuren werden dann mit Hilfe von Trägerproteinen durch die Darmwände in den Blutkreislauf aufgenommen oder andere Mechanismen. Dieser Verdau steht am Ende eines mehrstufigen Prozesses, bei dem die Proteine denaturiert und durch eine Sequenz von Enzymen nach und nach in ihre konstituierenden Peptide zerlegt werden.
Die Mansoura University gibt an, dass der erste chemische Schritt zur Verdauung von Proteinen im Magen stattfindet. Der Magen ist das erste Organ, das feste Nahrung speichert, an die er Magensaft abgibt, eine Mischung aus Salzsäure und Enzymen. Die Säure beginnt den Denaturierungsprozess, den Abbau der sekundären und tertiären Faltung von Proteinen. Es aktiviert auch Pepsin, ein wichtiges Enzym, das Proteine angreift. Insbesondere bricht Pepsin die Peptidbindung in aromatischen Aminosäuren auf. Wenn Proteine den Magen verlassen, werden sie in große Polypeptide und andere Verbindungen wie Proteosen und Peptone zerlegt.
Im Dünndarm werden Pankreas- und Darmsäfte freigesetzt, die mehr Enzyme enthalten. Die Mansoura University erklärt, dass jedes Enzym im Pankreassaft auf eine andere Kategorie von Aminosäuren wirkt und jedes Enzym im Darmsaft auf Polypeptide unterschiedlicher Länge wirkt.