Kojoten sind in erster Linie Fleischfresser und ernähren sich hauptsächlich von kleinen und großen Säugetieren, aber sie jagen auch Vögel, Schlangen, Eidechsen, Amphibien, Krebstiere, Fische und Insekten. Wenn kein frisches Fleisch verfügbar ist, essen sie Aas, einschließlich der Kannibalisierung der Toten ihrer eigenen Spezies. Sie ernähren sich manchmal von einer Vielzahl von Obst und Gemüse.
Kojoten jagen auf eigene Faust verschiedene Arten von Kaninchen und Nagetieren. In Paaren oder Rudeln jagen sie große Säugetiere wie Hirsche, Bisons, Elche, Schafe, junge Schwarzbären und Berglöwen. Kojoten haben einen ausgezeichneten Geruchssinn und verwenden ihn, um Beute zu verfolgen. Wenn sie in der Nähe sind, verfolgen sie die Beute und stürzen sich auf sie. Manchmal jagen sie jedoch ihre Beute, da sie zu den schnellsten Säugetieren in Nordamerika gehören und bis zu 40 Meilen pro Stunde laufen können. Wenn sie sich in der Nähe von menschlichen Siedlungen befinden, erbeuten Kojoten häufig Haustiere wie Schafe, Ziegen, Rinder und Geflügel. Manchmal greifen Kojoten Haustiere an.
Um ihre fleischfressende Ernährung zu ergänzen und während der Trockenzeit zusätzliche Feuchtigkeit zu erhalten, essen Kojoten Obst und Gemüse wie Wassermelonen, Melonen, Äpfel, Pfirsiche, Birnen, Kaktusfeigen, Brombeeren und Blaubeeren. Manchmal überfallen sie heimische Melonenfelder auf der Suche nach Feuchtigkeit. Es ist auch bekannt, dass sie Getreide wie Mais und Weizen essen.