Die häufigsten Gründe dafür, dass Goldfische schwarz werden, sind Genetik und die Aufnahme von farbigem Futter. Dunkle Umgebungen führen auch dazu, dass Goldfische zusätzliches Melanin produzieren, was zu einer Veränderung des Pigments führt. Krankheiten sind selten, aber in bestimmten Fällen werden erkrankte Goldfische schwarz.
Der natürliche Farbwechsel bei Goldfischen ist kein Grund zur Besorgnis. Billige Goldfische, die häufig in Zoohandlungen zu finden sind, neigen dazu, ihre Farbe zu ändern, da ihre Farbgene oft gemischt sind und ihre Genealogie ungewiss ist. Ein häufiger Fehler, den Goldfischbesitzer machen, besteht darin, sofort anzunehmen, dass ein schwarzer Goldfisch erkrankt ist, und ihn mit Antibiotika zu behandeln. Obwohl eine Krankheit eine mögliche Ursache ist, gibt es mehrere andere völlig natürliche Gründe für die Farbänderung und Antibiotika können mehr schaden als nützen.
Ammoniak entsteht durch verrottendes Futter im Aquarium sowie durch Goldfischabfälle. Dabei verbrennt zunächst die Haut des Goldfisches, die Verbrennungen sind jedoch nicht sichtbar. Wenn der Ammoniakspiegel sinkt, nachdem das Aquarium gereinigt und desinfiziert wurde, beginnt die Haut des Goldfischs zu heilen und die verheilten Stellen werden schwarz.
Die Schwarzfleckenkrankheit wird durch einen Parasiten verursacht, der in Schnecken gefunden wird. Wenn sich Schnecken im Aquarium befinden, können sie die Krankheit auf die Fische übertragen. Zu den Symptomen der Schwarzfleckenkrankheit gehören schwarze Zystenbildungen und dunkle Flecken auf der Goldfischhaut.