Eichhörnchen wurden als vom Aussterben bedrohte Arten eingestuft, da ihre Zahl aufgrund der Verbreitung des nordamerikanischen Grauhörnchens, das das Virus Parapox mit sich bringt, das für einheimische rote Eichhörnchen tödlich ist, nach Angaben des Young People's Trust for the Environment zurückgegangen ist . Darüber hinaus konkurrieren größere Grauhörnchen direkt mit ihnen um Nahrung und Nistplätze.
Das rote Eichhörnchen ist aus weiten Teilen Großbritanniens verschwunden, da das graue Eichhörnchen seinen Platz eingenommen hat. Das größere graue Eichhörnchen kam Mitte des 19. Jahrhunderts erstmals ins Land. Untersuchungen haben ergeben, dass graue Eichhörnchen höhere Überlebenschancen haben als rote Eichhörnchen, weil sie viel mehr Körperfett aufbauen. In der Konkurrenz um Nahrung und Platz setzen sich größere Grauhörnchen gegen rote Eichhörnchen durch. Noch wichtiger ist, dass graue Eichhörnchen das Eichhörnchenpockenvirus in sich tragen, das sie nicht befällt, aber rote Eichhörnchen schädigt.
Sowohl rote als auch graue Eichhörnchen sind baumbewohnende Säugetiere, die von ähnlichen Nahrungsquellen abhängig sind und in einer ähnlichen ökologischen Nische leben. Sie unterscheiden sich jedoch in ihrer Fähigkeit, größere Samen von Laubbäumen, insbesondere Eicheln, zu verdauen. Damit haben Grauhörnchen einen Wettbewerbsvorteil in Misch- und Laubwäldern. Sie essen große Samen, bevor diese Samen vollständig reif sind, wodurch sie mehr ernährungsphysiologische Vorteile erzielen können. Dies führt zu Gewichtsverlust und geringerem Bruterfolg bei Eichhörnchen.
