Die häufigste Ursache für schwarze Flecken bei Goldfischen sind Traumata und Reizungen aufgrund eines hohen Ammoniakspiegels im Wasser. Hoher Ammoniakgehalt verbrennt tatsächlich die Schuppen und führt zu weißen Flecken. Die schwarzen Flecken erscheinen, wenn die Schuppen zu heilen beginnen.
Verbrennungen durch Ammoniak können leicht behandelt werden, indem überschüssiges Ammoniak aus dem Aquarium entfernt wird. Sobald der Ammoniakspiegel im Gleichgewicht ist, beginnen die weißen Flecken zu heilen, was zu schwarzen Flecken führt. Überschüssiges Ammoniak tritt auf, wenn sich unverdaute Nahrung im Aquarium zu zersetzen beginnt. Hohe Ammoniakwerte sind auch in überfüllten Aquarien aufgrund von übermäßigem Fischabfall üblich. Der richtige Wasserwechsel und die Tankreinigung können helfen, den Ammoniakgehalt auszugleichen.
Die Schwarzfleckenkrankheit ist eine seltene Krankheit, die von Schnecken übertragen wird, die Vogelkot ausgesetzt waren. Werden infizierte Schnecken unwissentlich in das Becken gesetzt, können sie die Krankheit auf den Goldfisch übertragen. Parasiten graben sich in die Schuppen ein und bilden eine harte schwarze Zyste. Die Schwarzfleckenkrankheit ist bei Goldfischen relativ harmlos und in vielen Fällen verschwinden die Zysten von selbst. Da es keine todsichere Methode gibt, um festzustellen, ob Schnecken die Krankheit in sich tragen oder nicht, ist der beste Weg, die Schwarzfleckenkrankheit zu verhindern, alle Schnecken aus dem Aquarium fernzuhalten.