Kojoten sind keine Spitzenprädatoren und haben Feinde. Wölfe vertreiben oder töten oft Kojoten, die in ihr Territorium eindringen, daher neigen Kojoten dazu, Gebiete zu meiden, in denen Wölfe leben. Bauern und Viehzüchter betrachten Kojoten oft als Ärgernis und vernichten Kojoten aktiv, und manche Leute jagen Kojoten zur Erholung.
In der Vergangenheit meiden Kojoten Gebiete, in denen Wolfsrudel lebten. Seit der Dezimierung der Wölfe in den meisten ihrer historischen Verbreitungsgebiete haben Kojoten ihr Verbreitungsgebiet jedoch stark erweitert. Kojoten sind heute häufiger in Wald- und Berggebieten anzutreffen, während diese Regionen früher von Wölfen dominiert wurden. Kojoten sind auch in städtischere Gebiete vorgedrungen, wo sie sich von Müll und Haustieren ernähren.
