Fliegen haben wie alle Insekten ein Gehirn. Ihr Gehirn besteht aus dem Protocerebrum, Deutocerebrum und Tritocerebrum. Das Protocerebrum der Fliege kontrolliert ihre Facettenaugen und ihre Ocellen, die ein Trio einfacher Augen sind, die sich zwischen den Facettenaugen befinden. Ocelli helfen der Fliege beim Navigieren.
Das Deutocerebrum kontrolliert die Antennen des Tieres und das Tritocerebrum kontrolliert einen Teil der Mundwerkzeuge der Fliege. Das Tritocerebrum ermöglicht es dem Gehirn auch, mit dem Rest des zentralen Nervensystems der Fliege zu kommunizieren.
Andere Nervenbündel unter dem Gehirn der Fliege steuern die anderen Mundwerkzeuge, Flügel und Flugmuskeln des Tieres sowie die Verdauungs-, Fortpflanzungs- und Sinnesorgane.
