Kraken haben nur ein echtes Gehirn, das sich in ihrem Kopf befindet und um ihre Speiseröhre gewickelt ist. Oktopusse haben jedoch auch andere Neuronen, die Zellen, die das Gehirn bilden, an anderen Stellen. Kraken haben eine große Anzahl von Neuronen in der Nähe ihrer Augen und andere in ihren Armen.
Laut Wired.com haben Kraken insgesamt etwa 500 Millionen Neuronen. Ungefähr zwei Drittel davon befinden sich in den Armen der Kreaturen, der Rest verteilt sich auf das wahre Gehirn und die Zellen, die sich in der Nähe der Sehnerven verklumpen. Wissenschaftler versuchen, mehr über das Gehirn und die Intelligenz von Kraken zu erfahren, weil sie so weit entfernt mit anderen intelligenten Tieren wie Delfinen, Hunden und Menschen verwandt sind.