Alle pathogenen Bakterien leben per Definition im menschlichen Körper, weil sie auf diese Weise Krankheiten verursachen. Ein Krankheitserreger ist alles, was in seinem Wirt eine Krankheit verursacht; ohne den Wirt ist eine Krankheit nicht möglich, da Krankheit ein Muster schädlicher Aktivität innerhalb des Wirts ist.
Im menschlichen Körper leben große Mengen an Bakterien. Die meisten sind harmlos, einige sind nützlich und einige sind pathogen. Alle drei Gruppen leben oft an den gleichen Körperstellen. Der Magen-Darm-Trakt des Menschen ist beispielsweise besonders reich an Bakterien, darunter Arten, die normalerweise als pathogen gelten, wie E. coli.
Nicht alle E. coli-Stämme verursachen eine Lebensmittelvergiftung, und die meisten sind sogar harmlos. Erst wenn der Körper durch eine chronische Erkrankung, wie zum Beispiel Mangelernährung, aus dem Gleichgewicht gerät, können krankheitserregende Bakterien Fuß fassen und harmlose oder nützliche Bakterien in diesen Körperregionen überrennen. In anderen Fällen dringen pathogene Bakterien absichtlich in Körperteile ein, die normalerweise bakterienfrei sind, wie bei der bakteriellen Meningitis.
Bakterien sind im Allgemeinen eine äußerst widerstandsfähige und weit verbreitete Gruppe von Organismen. Sie leben in fast jeder erdenklichen Umgebung und sind in Wassersystemen und Böden auf der ganzen Erde allgegenwärtig. Pathogene Bakterien sind nicht immer klar von anderen, nicht-pathogenen Bakteriengruppen zu unterscheiden, außer in ihrem Krankheits- und Schadensmuster bei ihren Wirten. Pathogene Bakterien tragen Virulenzgene, aber manchmal sind Krankheitserreger und Nicht-Erreger eng verwandt, verhalten sich gleich und leben in derselben Umgebung. Die Bakterien, die Cholera verursachen, unterscheiden sich beispielsweise von harmlosen Stämmen nur dadurch, dass sie einige wenige Gene tragen, die es den Bakterien ermöglichen, ein gefährliches Toxin zu produzieren.
