Dünger steht an der Spitze der Liste, wenn es um Schadstoffe geht, die durch Zugabe von Chemikalien und Störung der Ökosystemfunktionen schädliche Auswirkungen auf aquatische Ökosysteme haben. Sie richten in kurzer Zeit erhebliche Schäden an. Düngemittel können aquatische Ökosysteme als punktuelle und nicht punktuelle Verschmutzungsquellen beeinträchtigen, aber unabhängig vom Eintrag sind ihre Auswirkungen tiefgreifend.
Düngemittel gelangen hauptsächlich in Form von Chemikalien in Gewässer, hauptsächlich Stickstoff und Phosphor. Sie können jedoch auch durch Rasenschnitt und geharktes Laub in Seen, Bäche und andere Wasserökosysteme gelangen, die über Abflüsse in diese Umgebungen gelangen und große Mengen Phosphor ablagern.