Euglena scheidet Abfälle wie andere Protozoen durch einen Vakuolensack aus, der mit Nährstoffen oder Stoffwechselprodukten beladenes Wasser aufnehmen und ausstoßen kann. Der Vakuolensack vergrößert sich, wenn sich die Abfallprodukte ansammeln. Diese Vakuolen werden jede halbe Minute entleert.
Das Zytosol der Plasmamembran von Euglena macht sie immer hypertonisch für ihre umgebende aquatische Umgebung. Dadurch kann Wasser ungehindert über die Plasmamembran fließen, was das Ausstoßen von Abfall aus der Vakuole erleichtert. Kontraktile Vakuolen bestehen aus zwei Unterkammern, die jeweils von einer anderen Membran umgeben sind. Eine Membran ist in winzige Tubuli und Vesikel unterteilt, die protonentranslozierende Enzyme enthalten, die einen aktiven Transport von Komponenten in und aus den Protozoen ermöglichen. Dieser aktive Transport beinhaltet die Erzeugung eines elektrochemischen Gradienten durch die Membranenzyme, der unerwünschte Abfallkomponenten herauspumpt und wünschenswerte Nährstoffe in die Protozoen pumpt.
Die andere Membran dient als Umhüllung für ein Reservoir, dem die Enzyme der ersten fehlen. Diese zweite Membran ist elastisch und ermöglicht ihre Ausdehnung zur Speicherung von überschüssiger Flüssigkeit. Die elastische Membran kann mit der äußeren Plasmamembran verschmelzen, die die beiden Unterkammern umgibt, um unerwünschte Abfallprodukte auszustoßen. Neben der Ausscheidung von Abfallprodukten ist der Vakuolensack für die Osmoregulation des Inneren der Euglena mit ihrer Umgebung verantwortlich.
