Im menschlichen Verdauungssystem werden komplexe Zuckermoleküle bei den Abbaureaktionen, die sie mit im Verdauungstrakt vorhandenen Enzymen durchlaufen, abgebaut. Der Prozess beginnt im Mund, wo diese komplexen Zuckermoleküle, auch bekannt als Kohlenhydrate, sind den im Speichel ausgeschiedenen Enzymen ausgesetzt.
Diese Speichelenzyme leiten die Zersetzung des Kohlenhydrats in kürzere Polysaccharidketten ein. Wenn diese Polysaccharide in den Magen gelangen, sind sie der Magensäure ausgesetzt. Die Magensäure zerstört die in der Nahrung enthaltenen Bakterien ohne weitere Reaktion mit den Polysacchariden. Die halbverdauten komplexen Zucker erreichen den Dünndarm und veranlassen die Bauchspeicheldrüse, mehr zuckerabbauende Enzyme freizusetzen. Diese zerlegen die Polysaccharide in einfachere Disaccharide, Moleküle, die aus zwei kovalent gebundenen einfachen Zuckermolekülen bestehen.
Der Dünndarm produziert dann andere Enzyme, die auf die spezifischen Disaccharidmoleküle abzielen und sie in einfache Zucker, sogenannte Monosaccharide, zerlegen. Diese Monosaccharide werden dann vom Dünndarm aufgenommen.
Obwohl das Verdauungssystem effizient ist, ist es nicht perfekt, und einige komplexe Zucker werden im Dünndarm nicht abgebaut und verwertet. Diese intakten komplexen Zucker werden in den Dickdarm transportiert, wo sie von den Bakterien im Dickdarm teilweise abgebaut werden.