Die Maya-Regierung kontrollierte die Regierungsgeschäfte und politischen Angelegenheiten hauptsächlich auf staatlicher Ebene; einzelne Stadtstaaten leiteten die Führung von militärischen Führern ab, die Nacoms und Hohepriester oder Könige genannt wurden, die einzeln oder in Gruppen regierten. Normalerweise kombinierte jeder Stadtstaat unter Maya-Kontrolle Militärherrschaft mit religiösem Gesetz. Obwohl einige Maya-Staaten Autonomie genossen, wurden andere von größeren Einheiten, den sogenannten Hauptstädten, kontrolliert.
Neben Nacoms bildeten edle Persönlichkeiten wie Könige und Priester die Spitze der Maya-Regierungshierarchie. Nacoms diente einer Amtszeit von drei Jahren. Während ihrer Amtszeit als Führer überwachten die Nacoms die Militäroperationen ihrer regierten Staaten. Sie entwickelten militärische Strategien für kurz- und langfristige Operationen und organisierten Truppen für Kämpfe. Maya-Stadtstaaten hatten keine stehenden Armeen, riefen aber Reservesoldaten zum Kampf auf, wenn es nötig war. Fast 20 staatliche Einheiten existierten in der Maya-Regierungsstruktur. Diese Staaten hatten ähnliche Grundrisse mit definierten städtischen Zentren und äußeren ländlichen Gebieten. Zivilisten innerhalb der Stadtstaaten genossen Schutz vor Anführern und wiederum Sicherheit, sahen sich jedoch mit Konsequenzen konfrontiert, wenn sie den Befehlen ihrer Vorgesetzten nicht gehorchten. Stadtstaaten erlangten religiöse Führung durch eine ähnliche Struktur. Ein einzelner Hohepriester wies Priestergruppen, Batabs genannt, an, administrative Aufgaben zu erfüllen und religiöse Veranstaltungen und Aktivitäten zu planen. Gemeinderäte, die sich aus Stadtbeamten zusammensetzten, und Polizisten halfen den Batabs, Gesetze zu organisieren und durchzusetzen.
