Wasserstoffperoxid tötet Bakterien ab, indem es ihre Zellwände oxidiert, ihnen Elektronen stiehlt und ihre chemischen Strukturen zerstört. Wasserstoffperoxid ist eine Verbindung mit zwei Wasserstoffatomen und zwei Sauerstoffatomen. Es ist dem Wasser sehr ähnlich, aber es hat ein zusätzliches Sauerstoffatom, das leicht abgegeben wird, um mit seiner Umgebung zu reagieren, oft auf eine Weise, die für umgebende Organismen zerstörerisch ist.
Der zerstörerische Sauerstoff in Wasserstoffperoxid ist als freies Radikal bekannt. Die Peroxidgruppe, die aus zwei Sauerstoffionen besteht, reagiert mit Bakterienzellwänden und anderen Zellstrukturen. Jedes Sauerstoffatom hat ein ungepaartes Elektron, das sehr instabil ist und es extrem reaktiv macht.
Während Wasserstoffperoxid aufgrund seiner bakterienabtötenden Eigenschaften ein übliches Desinfektionsmittel ist, ist es sowohl für menschliche Zellen als auch für Bakterien gefährlich. Es schädigt das umliegende Gewebe, wenn es zu lange auf einer Wunde belassen wird. In höheren Konzentrationen ist es korrosiv. Der Körper hat jedoch einige Abwehrmechanismen gegen diese Aktivität, die das häufig beobachtete Schäumen nach der Anwendung von Wasserstoffperoxid hervorruft.
Der menschliche Körper verfügt über bestimmte Enzyme, die dabei helfen, Peroxide abzubauen, bevor sie zu viel Schaden anrichten, da solche freien Radikale während der aeroben Atmung auf natürliche Weise gebildet werden. Der Fokus auf diätetische Antioxidantien in den letzten Jahren ergibt sich aus metabolischen freien Radikalen, die menschliche Zellen auf die gleiche Weise schädigen wie synthetisches Peroxid.