Laut der American Society of Microbiology wirken Antiseptika, indem sie den pH-Wert der Umgebung von Bakterien verändern und die Umgebung bewohnbar machen. Da sich Mikroorganismen an ihre Umgebung anpassen, müssen Antiseptika schnell wirken, um sie abzutöten die Bakterien, bevor sie sich anpassen können.
Der Körper ist in der Lage, die meisten Arten von Bakterien auf natürliche Weise abzuwehren. Tatsächlich ist es die Exposition gegenüber Bakterien, die dem Körper hilft, eine Resistenz dagegen aufzubauen. Studien weisen darauf hin, dass die Anwendung von Antibiotika, Antiseptika und anderen keimtötenden Produkten bei Kindern im späteren Leben stark zur Entwicklung von Allergien beiträgt.
Nach Angaben der Centers of Disease Control and Prevention ist eine Gruppe von Mikroorganismen, die eine Resistenz gegen Antiseptika und Antibiotika aufbauen, eines der größten Bedenken im medizinischen Bereich. Aufgrund der schnellen Mutations- und Proliferationszeiten gibt es Bedenken, dass eine sehr kleine Bakterienkolonie, die gegen Antiseptika und Antibiotika resistent ist, das Potenzial hat, schnell eine große Kolonie zu werden. Aus solchen Bakterien wird wahrscheinlich ein neuer Krankheitserreger entstehen, der eine natürliche Resistenz gegen die moderne Medizin besitzt. Dies funktioniert ähnlich wie eine Person, die nur die Hälfte ihrer Antibiotika einnimmt, was Wissenschaftler und Ärzte als Superbakterien bezeichnen, die gegen die Antibiotika resistent geworden sind.