Rotenon gehört zur Klasse der Elektronentransportinhibitoren, die an einem bestimmten Punkt der Transportkette binden und die Elektronen an der Bewegung hindern. Dies verhindert, dass die Zellatmung über diesen bestimmten Weg stattfindet. Der NADH- und der Succinat-Pfad können auf diese Weise beide blockiert werden.
Rotenon gilt als kompetitiver Elektronenhemmer, was bedeutet, dass es einen geringen Sauerstoffverbrauch ermöglicht, da ein winziger Elektronenstrom hindurchtreten kann. Aber auch beim Sauerstoff hindern kompetitive Inhibitoren die Zelle daran, einen geeigneten chemiosmotischen Gradienten beizubehalten. Dies bedeutet, dass selbst die Zugabe von ADP zum System die Atmung nicht wieder auf ein gesundes Niveau anhebt.
Aufgrund seiner hohen Toxizität für Mensch und Tier ist Rotenon vom allgemeinen Verkauf und Gebrauch ausgeschlossen. Es wird immer noch als Insektizid verwendet, jedoch nur von Unternehmen, die von der Beschränkung ausgenommen sind. Andere Pestizide aus der Familie der Elektronentransportinhibitoren umfassen Antimycin, Cyanid und Malonat. Wie Rotenon ist auch Malonat ein kompetitiver Inhibitor, obwohl es eher die Funktion von Enzymen als den Elektronentransportprozess behindert. Von den vieren ist Zyanid das giftigste, und Sicherheitsanforderungen schreiben vor, dass es in Lagereinrichtungen in einem verschlossenen Bereich aufbewahrt wird, da eine kleine Kapsel eine tödliche Dosis für eine Person enthalten kann.
