Das Ziel von "Clue Jr.: Der Fall des fehlenden Kuchens" besteht darin, durch Hinweise zu navigieren, um herauszufinden, wer den Kuchen gegessen hat, wann der Kuchen gegessen wurde und welches Getränk mit dem Kuchen konsumiert wurde. Das Spiel wird für zwei bis sechs Spieler im Alter von 5 bis 8 Jahren empfohlen und besteht aus Spielbrett, Figuren- und Möbelfiguren, einem Spinner, Spielerbasen, Mystery Cards und einem Detektiv-Notizblock.
Die Spieler beginnen, indem sie einen Beweger oder eine Spielerbasis auswählen und sie in der passenden Farbe auf dem Spielbrett platzieren. Der erste Spieler dreht den Spinner und bewegt sich um die auf dem Spinner angezeigte Anzahl von Feldern vorwärts. Wenn Spieler auf einem bereits besetzten Feld landen, wird das Feld übersprungen oder die Spieler können warten, um in den Raum auf dem Spielplan zu spähen. Bei der Landung auf einem an einen Raum angrenzenden Feld können die Spieler das Schlüsselloch aufschließen und die Hinweise im Raum entdecken. Mit dem Detektiv-Notizblock sollten die Spieler Hinweise und Vermutungen aufschreiben, während sie sich auf dem Spielbrett bewegen. Sobald ein Spieler erraten kann, wer den Kuchen gegessen hat, wo er gegessen und welches Getränk getrunken wurde, muss dieser Spieler seine Vermutung ankündigen und erhält die Möglichkeit, die Mystery-Karte zu sehen, um zu sehen, ob die Vermutung richtig ist. Wenn die Vermutung richtig ist, gewinnt der Spieler das Spiel. Wenn nicht, muss der Spieler die Karte zurücklegen und das Spiel wird mit den anderen Spielern fortgesetzt.