Auf einem Chromosom sind Gene linear entlang des Chromosoms angeordnet, aber Chromosomen ordnen sich nur während der Zellteilung zu homologen Paaren an. Während der Mitose (typische Zellteilung) reihen sich die Chromosomen durch die Aktion von Organisationszentren, die Zentriolen genannt werden.
Ein Chromosom ist technisch gesehen ein linearer DNA-Strang. Diese DNA wird jedoch durch spezielle Proteinkomplexe, die Histone genannt werden, zu Strukturen, die Nukleosomen genannt werden, eng gewickelt und während der Zellteilung weiter kondensiert. Infolgedessen wird die DNA viele Male gewickelt und gebogen, und die Position eines Gens entlang des kondensierten Chromosoms spiegelt möglicherweise nicht seine genaue Position entlang des Chromosoms wider, wenn es abgespult wird. Das Gerüst, das das Rückgrat des Chromosoms bildet, und die Histone, um die sich die DNA wickelt, sind zwischen den Chromosomen konsistent, sodass homologe Gene genau in gepaarten Chromosomen angeordnet sind.
