Die Fortbewegung im Reich der Protisten ist abwechslungsreich und äußerst vielseitig. Amöben verwenden zytoplasmatische Prozesse, die Pseudopodien genannt werden, während Paramezien Reihen von Zilien haben, die sich wie winzige Ruder im Einklang bewegen. Euglena und Dinoflagellaten verwenden peitschenartige Proteine, die Flagellen genannt werden, um zu schwimmen, und einige Protozoen wie Kieselalgen und Plasmodium (der Organismus, der Malaria verursacht) sind nicht beweglich, was bedeutet, dass sie sich nicht unabhängig bewegen.
Zilien und Geißeln weisen eine große Ähnlichkeit mit bei Bakterien beobachteten Strukturen auf. Dies deutet darauf hin, dass Motorproteine sehr früh im Laufe der Evolution entstanden sind. Andere Eukaryoten, einschließlich des Menschen, haben diese nützlichen Strukturen beibehalten. In den menschlichen Atemwegen fegen Flimmerepithelzellen in der Luft befindliche Bakterien und Ablagerungen aus den Atemwegen zurück in Richtung Rachen, wo sie durch den Hustenreflex aus dem Körper ausgestoßen werden. Was Flagellen angeht, enthalten Spermien ähnliche Proteine in ihren Schwänzen, die ihnen das Schwimmen ermöglichen.
Pseudopodien als Fortbewegungsmittel bleiben weitgehend auf Amöben beschränkt; dennoch behalten einige menschliche Zelltypen diese Eigenschaft bei. Phagozytische weiße Blutkörperchen, Makrophagen genannt, verwenden eine Struktur ähnlich einer Pseudopode, um Bakterien und Pilzsporen zu verschlingen. Megakaryozyten (Riesenzellen im Knochenmark) verlängern mehrere pseudopodenartige Fortsätze und spalten dann zytoplasmatische Fragmente ab, um Blutplättchen zu bilden.
