Historiker sind sich nicht sicher, wer Juan Ponce de Leons Eltern waren, aber sie glauben, dass er mit Rodrigo Ponce de Leon, dem Marquis von Cadiz, verwandt war. Sogar sein genaues Geburtsjahr ist umstritten, da er wurde ursprünglich angenommen, dass er 1460 geboren wurde, während andere Beweise darauf hindeuten, dass er 1474 geboren wurde.
Ponce de Leon soll auch mit der Familie Nunez de Guzman verwandt sein. In seinen frühen Jahren arbeitete er als Knappe für Pedro Nunez de Guzman, den Knight Commander des Ordens von Calatrava. Laut dem spanischen Historiker Gonzalo Fernandez de Oviedo y Valdes wurde Ponce de Leon in seinen frühen Jahren ein erfahrener Soldat, als er half, die Mauren in Granada zu besiegen.
