Protease-Enzyme spalten Proteine in Peptide auf, während Peptidase-Enzyme kleinere Proteinstücke in Aminosäuren spalten. Pepsinogen wird von den Magendrüsen in den Magen sezerniert, der nach einer Einnahme eine stark saure Umgebung darstellt Mensch isst.
Der Säuregehalt bewirkt, dass das Pepsinogen aktiviert wird und Proteine als das Enzym Pepsin abbauen. Andere Enzyme wie Chymotripsin, Trypsin und Carboxypedtidase helfen ebenfalls bei der Verdauung von Proteinen. Proteasen und Petidasen werden auch in einigen Waschmitteln verwendet, um organische Flecken abzubauen. Protease-Inhibitoren werden verwendet, um Patienten mit dem AIDS-Virus zu helfen, da das Virus bei der Vermehrung Proteasen verwendet.