Das Chromosom mit den wenigsten Genen ist das Y-Chromosom. Das Y-Chromosom trägt nur etwa 344 Gene. Gene auf dem Y-Chromosom bestimmen das Geschlecht und codieren die männlichen Geschlechtsmerkmale.
Das Fehlen oder Vorhandensein des Y-Chromosoms bestimmt das Geschlecht eines Menschen. Das Y-Chromosom paart sich mit dem X-Chromosom; Dieses Paar wird als Geschlechtschromosomen bezeichnet. Männer haben ein X- und ein Y-Chromosom. Wenn ein Mann Samenzellen herstellt, kann das Y-Chromosom, weil es weniger Gene hat als das X-Chromosom, kein genetisches Material mit seinem Partner austauschen. Das Y-Chromosom geht daher relativ unverändert von einer männlichen Generation zur nächsten männlichen Generation über. Das X-Chromosom ist viel größer als das Y-Chromosom. Eine Frau besitzt zwei X-Chromosomen. Wenn ihr Körper Eizellen bildet, brechen Teile jedes X-Chromosoms ab und rekombinieren zu neuen genetischen Kombinationen.