Das Ausscheidungssystem entfernt potenziell toxische Substanzen, die sich bei Stoffwechselprozessen ansammeln. Bei Säugetieren sind die Nieren die Hauptorgane, die das Blut von überschüssigen Chemikalien, insbesondere stickstoffhaltigen Abfällen, filtern. Andere beteiligte Organe sind die Harnleiter, die den Urin zur Blase transportieren, die die Abfallstoffe speichert, bis sie über die Harnröhre ausgeschieden werden können.
Bei Säugetieren wird Urin verwendet, um stickstoffhaltige Abfälle in Form von Harnsäure oder, wie beim Menschen, Harnstoff zu sammeln. Harnstoff ist eine wasserlösliche Chemikalie, sodass der Körper überschüssiges Wasser leicht verwenden kann, um es loszuwerden. Harnsäure hingegen ist nicht wasserlöslich und wird von Arten wie Vögeln mit sehr wenig Wasser als Feststoff ausgeschieden. Dies wird auch von vielen Arten in trockenen Klimazonen verwendet, in denen die Verwendung von Wasser zur Ausscheidung zu verschwenderisch wäre.
Sehr große Mengen an Wasser und Chemikalien werden von den Nieren aufgenommen, aber ein Großteil wird ins Blut zurückgeführt. Die Nieren sind für die Regulierung des Flüssigkeitshaushalts im Körper mindestens ebenso wichtig wie für die Ausscheidung von Schlacken. Andere am Ausscheidungssystem beteiligte Organe sind die Leber und die Haut, die durch Schwitzen einige Giftstoffe und Abfallstoffe entfernen.
