Nachteile der externen Befruchtung sind die Abhängigkeit von Wasser und die große Menge an verschwendeten Spermien und Eizellen, die niemals einen entsprechenden Gameten erreichen, selbst wenn sich die Organismen, die Eizellen und Spermien freisetzen, in unmittelbarer Nähe befinden. Zusätzlich , können die freigesetzten Eier keine Schalen haben, da diese die Spermien stoppen würden.
Externe Befruchtung wird nur von Tieren verwendet, die im Wasser brüten, da die Spermien Wasser zum Durchschwimmen benötigen, um die Eier zu erreichen. Zu den Tieren, die diese Fortpflanzungsstrategie anwenden, gehören die meisten Fische, die meisten Amphibien und viele andere Arten von wirbellosen Wassertieren. Aufgrund der ungewissen Befruchtung einer bestimmten Eizelle produzieren Tiere, die eine externe Befruchtung verwenden, in der Regel sehr viele Spermien und Eizellen.
Die äußere Befruchtung hat auch Vorteile gegenüber der inneren Befruchtung. Bei der inneren Befruchtung führt ein Männchen einer Art direkt Spermien in ein Weibchen ein, die dann in den Flüssigkeiten um den Fortpflanzungstrakt schwimmen, um die Eier zu erreichen. Dies ist die Strategie, die üblicherweise von Tieren verwendet wird, die an Land brüten. Dies ist zwar eine zuverlässigere Methode in Bezug auf die Wahrscheinlichkeit, dass jedes Ei befruchtet wird, aber sie ist komplizierter als eine externe Befruchtung. Es erfordert eine enge Koordination zwischen Männern und Frauen in Bezug auf Verhalten und Physiologie, was umfangreiche hormonelle Kontrollen erfordert.