Zu den negativen Aspekten einer fettarmen Ernährung gehören die Förderung des Verzehrs schädlicher Lebensmittel, die Erhöhung der Triglyceride, die Vermeidung gesunder Lebensmittel und die Senkung des HDL- oder "guten" Cholesterins. Darüber hinaus kann eine fettarme Ernährung den Testosteronspiegel senken und zu Herzerkrankungen führen.
Obwohl die Hersteller die besten Absichten der Menschen im Hinterkopf haben, lässt sich nicht leugnen, dass Produkte ohne Fett nicht ganz so gut schmecken. Um dies auszugleichen, verpacken die Hersteller diese „fettarmen“ Lebensmittel oft mit Zucker. Dies hat zur Folge, dass Lebensmittel, die als "fettarm" gekennzeichnet sind, eine schädliche Menge an Zucker enthalten können. Eine fettarme Ernährung fördert zudem den Verzehr von Vollkorn- und Pflanzenöl. Vollkornweizen, der Gluten enthält, verursacht bei manchen Menschen eine Nebenwirkung, während Pflanzenöle auf lange Sicht mit Entzündungen und Herzerkrankungen in Verbindung gebracht werden.
Hohe Triglyceridspiegel können auch zu Herzerkrankungen führen. Eine fettarme Ernährung, die normalerweise einen hohen Kohlenhydratgehalt hat, erhöht oft den Triglyceridspiegel einer Person. Da fettarme Diäten schädliche Lebensmittel enthalten können, können sie auch dazu beitragen, gesunde Lebensmittel wie Eier, Fleisch und Milchprodukte zu vermeiden, die alle ausgezeichnete Quellen für notwendige Vitamine und Mineralstoffe sind. In Bezug auf HDL oder "gutes" Cholesterin kann der Verzehr von Fett diese Werte tatsächlich erhöhen, während Studien gezeigt haben, dass eine fettarme Ernährung sie senkt.