Das wichtigste physische Merkmal einer Schildkröte ist ihr Panzer, aber Schildkröten haben auch einige andere, weniger offensichtliche einzigartige Merkmale wie Schnäbel und einen Schädel, der keine offenen Räume hat, in denen andere Reptilien sie besitzen. Die Schale besteht aus stark modifizierten Rippen, Wirbeln und anderen Knochen.
Der Panzer einer Schildkröte ist definitiv das auffälligste Alleinstellungsmerkmal. Es ist kein einzelnes Stück und kann auch nicht wie die Schale eines Hummers oder einer Krabbe abgeworfen werden. Die Schale besteht aus vielen verschmolzenen Knochen, die sich zu zwei größeren Rüstungsteilen verbinden: eines auf dem Rücken des Tieres und ein weiteres auf dem Bauch des Tieres. Zu diesen Knochen gehören abgeflachte Rippen und Schlüsselbeinknochen. Der Schultergürtel und der Beckengürtel einer Schildkröte befinden sich vollständig in dieser knöchernen Schale.
Schildkröten haben auch seltsame Schädel, im Vergleich zu ihren Reptilien, den Schlangen und Eidechsen. Ihnen fehlen Schädelöffnungen, die Fenestrae genannt werden, was ihnen ein helmähnliches Aussehen verleiht, und anstelle von Zähnen haben sie einen keratinisierten Rand entlang ihrer Kiefer, der einen Schnabel bildet. Obwohl keine lebende Spezies Zähne hat, haben einige Anpassungen zum Kauen oder Greifen von Nahrung entwickelt. Zum Beispiel haben Meeresschildkröten Ösophaguspapillen entwickelt – Knorpelspitzen, die ihren Hals auskleiden. Damit greifen sie rutschige Quallen.
