Der Hauptnachteil der Verwendung von künstlichen oder anorganischen Düngemitteln besteht laut Clemson University Extension darin, dass sie das Grundwasser verschmutzen können und einige anorganische Düngemittel Pflanzen schädigen können, wenn sie auf dem Laub verbleiben. Außerdem fügen sie dem Boden nicht so viele Nährstoffe hinzu wie organische Düngemittel und müssen laut der Oregon State University Extension häufiger angewendet werden als natürliche Düngemittel.
Die Nährstoffe in Kunstdünger bleiben nicht sehr lange im Boden. Aus diesem Grund müssen Gärtner ihren Boden häufiger mit anorganischem Dünger als mit organischem Dünger ausbringen. Anorganische Düngemittel, die ihre Nährstoffe langsamer an den Boden abgeben und somit weniger Anwendungen erfordern, sind von einigen Herstellern erhältlich.
Künstliche Düngemittel durchlaufen einen Herstellungsprozess, während organische Düngemittel wie Mist normalerweise nicht dieser Art der Behandlung unterzogen werden. Durch den Behandlungsprozess entstehen Düngemittel, die einen sehr hohen Anteil an den drei Hauptnährstoffen haben, die Pflanzen benötigen, nämlich Stickstoff, Phosphor und Kalium. Da anorganische Düngemittel so hohe Konzentrationen dieser Mineralien aufweisen, wirken sie schneller als Düngemittel wie Mist und Kompost. Deshalb sind Kunstdünger trotz ihrer möglichen Nachteile bei Heimgärtnern und Landwirten so beliebt.
