Ein Massenspektrometer ist ein teures Instrument, das nicht zwischen optischen oder geometrischen Isomeren unterscheiden kann. Es wird verwendet, um die Masse, Formel und Struktur einer Verbindung zu analysieren und das Verhältnis von Ladung zu Masse von Fragmenten zu messen .
Ein Massenspektrometer kann nicht zwischen geometrischen Isomeren einer Verbindung unterscheiden. Geometrische Isomere sind Verbindungen mit derselben Molekülformel, aber unterschiedlicher Strukturformel; diese werden als cis- und trans-Isomere bezeichnet. Betrachten Sie zum Beispiel die organische Verbindung 1,2-Dichlorethen. Ein Massenspektrometer kann die beiden geometrischen Isomere dieser Verbindung, nämlich trans-1,2-Dichlorethen und cis-1,2-Dichlorethen, nicht unterscheiden und identifizieren.
Massenspektrometer können nicht zwischen optischen Isomeren unterscheiden. Optische Isomere sind nicht übereinander liegende Spiegelbilder voneinander und werden als Enantiomere bezeichnet. Alanin ist beispielsweise eine Aminosäure, die sich aus (+)- und (–)-Formen zusammensetzt. Enantiomere reagieren unterschiedlich auf eben polarisiertes Licht.
Massenspektrometer können nicht zwischen ortho(o-), meta(m-) und para(p-) Substituenten aromatischer Verbindungen unterscheiden. Die Disubstitution kann in einer aromatischen Verbindung in drei verschiedenen Orientierungen auftreten. 1,2-disubstituiert wird als ortho-aromatischer Ring bezeichnet, während 1,4-disubstituiert als para-aromatischer Ring bezeichnet wird. 1,3-disubstituiert wird als metaaromatischer Ring bezeichnet.
Massenspektrometer können ähnliche fragmentierte Ionen in Kohlenwasserstoffen nicht identifizieren. Der Ionisierungsprozess erzeugt manchmal zu viel Fragmentierung, sodass wir nicht feststellen können, ob das Ion mit der höchsten Masse ein molekulares Ion von Kohlenwasserstoffen ist.
