Ein Nachteil der grünen Chemie besteht darin, dass die Umstellung von einem alten Produkt oder Verfahren auf ein neues Zeit in Anspruch nimmt. Eine Neugestaltung des neuen Prozesses oder Produkts ist oft schwierig, und es fehlt an Einigkeit darüber, was als sicherer gilt.
Ein weiterer Bereich, der im Zusammenhang mit grüner oder nachhaltiger Chemie Anlass zur Sorge gibt, besteht darin, die traditionellen Pestizide oder Chemikalien, die in der Landwirtschaft verwendet werden, durch Biopestizide zu ersetzen, bei denen es sich um Pestizide aus natürlichen Materialien wie Pflanzen und Tieren handelt. Der Prozess ist jedoch langsam, da im großen Maßstab die Produktionskosten hoch sind.
Grüne Chemie fördert die Entwicklung chemischer Produkte und Prozesse, die die Produktion gefährlicher Stoffe reduzieren.
