Ethische Fragen im Zusammenhang mit rekombinanter DNA sprechen die Bedenken an, dass Organismen und Lebensmittel, die rekombinante DNA enthalten, potenziell gefährlich sind. Die meisten Wissenschaftler halten die rekombinante DNA-Technologie für sicher, während verschiedene Interessengruppen und Gesundheitsgruppen behaupten, dass Regulierungsgruppen voreingenommen sind und mehr Forschung erforderlich ist, um mögliche Gefahren zu beurteilen.
Nach den ersten Veröffentlichungen, in denen 1972 und 1973 der erfolgreiche Einsatz der rekombinanten DNA-Technologie beschrieben wurde, kam 1975 die Asilomar Conference on Recombinant DNA zusammen, um Richtlinien für deren Verwendung zu diskutieren. Es gab detaillierte Empfehlungen und ein Moratorium für potenziell gefährliche Experimente. Später gaben die National Institutes of Health formellere Richtlinien heraus. Regierungsvorschriften basieren auf den NIH-Richtlinien.
Die Union of Concerned Scientists, die Organic Consumers Association, der World Wildlife Fund und Greenpeace stellen die Ethik der liberalen Nutzung rekombinanter DNA-Technologie in Frage. Die Haupteinwände gegen seine Verwendung beziehen sich auf die langfristigen Folgen bei der Verwendung zur Modifikation von Lebensmitteln. Zu den Überlegungen gehören die Möglichkeit einer Kontamination von gentechnisch nicht veränderten Lebensmitteln, eine Kennzeichnungspflicht zur Identifizierung von Produkten mit gentechnisch veränderten Organismen, die Wirksamkeit staatlicher Vorschriften, langfristige Auswirkungen auf Umwelt und Gesundheit sowie eine ausreichende Aufsicht über Unternehmen, die mit rekombinanter DNA-Technologie oder Produkten umgehen.
In den Vereinigten Staaten stellen Kritiker die Objektivität von Aufsichtsbehörden in Frage, die Unternehmen, die Produkte verkaufen, die rekombinante DNA enthalten, zu viel Verständnis entgegenbringen. Kritiker wenden sich auch gegen eine Doppelmoral in der Europäischen Union zwischen dem Anbau von Lebensmitteln für die Verwendung innerhalb der EU und für den Export.
