Einige Beispiele für Flagellaten sind Trypanosomen und Giardia lamblia. Trypanosom ist ein Parasit, der bei Kontakt mit einem Menschen Schlafkrankheit verursacht. Giardia lamblia ist auch ein Parasit und verursacht Magen- und Darmbeschwerden.
Giardia lamblia kommt typischerweise in Flüssen und Gebirgsbächen vor. Andere Arten von Flagellaten sind Dinoflagellaten, die häufig als Plankton sowohl in Süß- als auch in Salzwasser vorkommen, und Euglena, eine frei lebende Art von Flagellaten. Die Volvox-Sorte der Flagellaten hingegen wird typischerweise in Kolonieclustern gefunden.
Um sich als Flagellat zu qualifizieren, muss der Organismus einen Einzelzellkern haben und mindestens ein Flagellum besitzen, das sowohl für Bewegung als auch für Empfindungen verwendet wird. Ein Großteil der Flagellaten besitzt eine feste äußere Hülle oder eine geleeartige Beschichtung. Die Fortpflanzung dieser Organismen umfasst sowohl sexuelle als auch asexuelle Methoden.
Organismen unter dieser Kategorie können weiter in zwei verschiedene Gruppen unterteilt werden: Phytomastigophora und Zoomastigophorea. Erstere sind Flagellaten, die Pflanzen ähneln, während letztere Tieren ähneln. Phytomastigophorea Flagellaten sind in der Lage, durch Photosynthese Nahrung zu produzieren. Zoomastigophorea Flagellaten hingegen kommen im Verdauungstrakt kleiner Käfer vor und können Nährstoffe aus Zellulose aufnehmen.