Prokaryontische Organismen lassen sich in zwei Domänen einteilen: Bakterien und Archaeen, die Autotrophe und Heterotrophe enthalten. Unabhängig von der Domäne haben Prokaryonten gemeinsame Merkmale, dass sie einzellige Organismen sind, die die kleinste und einfachste Zusammensetzung haben und Struktur aller Organismen. Prokaryoten werden innerhalb ihrer Domänen weiter in Gruppen unterteilt; beide Gruppen enthalten Heterotrophe und Autotrophe und eine Vielzahl von Arten.
Prokaryoten werden in zwei Gruppen unterteilt, je nachdem, wie sie Nährstoffe aufnehmen, bei denen es sich um autotrophe und heterotrophe Methoden handelt. Autotrophe Prokaryoten sind solche, die Nahrung gewinnen, indem sie sie selbst herstellen: Diese Organismen nutzen hauptsächlich den Prozess der Photosynthese, bei dem Sonnenlicht absorbiert und in nutzbare Energie umgewandelt wird, um Nahrung zu produzieren. Diese Prokaryonten können auch Energie aus anorganischen Chemikalien gewinnen und werden als chemosynthetische Organismen bezeichnet. Cyanobakterien sind laut SUNY Arten von Prokaryoten, die Photosynthese für die Nahrungsmittelproduktion nutzen. Während einige Prokaryoten ihre eigene Nahrung zur Energiegewinnung herstellen, erhalten andere Nährstoffe durch die Aufnahme von Nahrungspartikeln und organischem Material. Diese Organismen, die als heterotrophe Prokaryoten bezeichnet werden, sind hauptsächlich aerob und umfassen drei verschiedene Arten. Diese Arten von Heterotrophen sind: saprotrophe, parasitäre und mutualistische Organismen. Saprotrophe Organismen sind Zersetzer; diese Gruppe umfasst die meisten Heterotrophen. Parasiten beziehen Nahrung von Wirtsarten, normalerweise auf räuberische Weise, während mutualistische Heterotrophe gegenseitig vorteilhafte Beziehungen mit anderen Arten eingehen, um Nahrung und Wasser zu erhalten und auszutauschen.