Ein nicht-pathogener Organismus ist ein Organismus, der beim Verzehr oder beim Leben in einem Wirtsorganismus keine Krankheiten verursacht. Organismen, die Krankheiten verursachen können, werden als "pathogen" bezeichnet.
Nicht-pathogene Organismen sind für ihre Wirte nicht nur ungefährlich, sie können sogar nützlich sein. Einige Untersuchungen haben gezeigt, dass nicht-pathogene Bakterien das Wachstum und die Vermehrung schädlicher Bakterien hemmen können, so MedicineNet. Viele nicht-pathogene Organismen können auch über lange Zeiträume im Darmtrakt von Menschen und anderen Tieren leben, ohne Krankheiten oder Störungen zu verursachen. Zu diesen Organismen gehören nicht-pathogene Protozoen wie Chilomastix mesnili, Endolimax nana und Entamoeba coli.