Ein Merle Chihuahua ist ein Chihuahua mit einem gesprenkelten Fell. Merle ist ein Fellmuster, das bei vielen Haushunderassen vorkommt; es besteht aus dunkleren Farbflecken auf einem helleren Hintergrund des gleichen Farbtons.
In Chihuahuas wird Merle stark mit einer Vielzahl von Gesundheitsproblemen in Verbindung gebracht. Es ist mit Taubheit und Anomalien des Auges, des Schädels und des Fortpflanzungssystems verbunden. Mehrere Länder, darunter alle 83 Länder, die die europäischen FCI-Standards anwenden, verbieten die Registrierung von Merle-Chihuahuas, um eine weitere Zucht zu verhindern. Ab 2014 akzeptiert der American Kennel Club jedes Fell oder Muster von Chihuahuas in Showqualität, einschließlich Merle.