Die Klassifizierung der 28.000 lebenden Fischarten variiert von einer zur nächsten; jedoch gehören alle zum Tierreich, dem Stamm Chordata und dem Unterstamm Vertebrata. Innerhalb dieses Unterstamms enthalten vier verschiedene Klassen Fische, darunter die Myxini, Cephalspidmomorphi, die Chondrichthyes und die Osteichthyes. Diese vier Klassen werden weiter in zahlreiche Familien, Gattungen, Arten und Unterarten unterteilt.
Die Mxyini und Cephalspidomorphi bestehen aus den primitiven Schleimfischen bzw. Neunaugen. Diese Fische haben keine Kiefer und gelten als Nachkommen einiger der ältesten Fische. Die Chondrichthyes-Klasse besteht aus Haien, Rochen und ihren Verbündeten. Diesen Fischen fehlen Knochenskelette und stattdessen Knorpelskelette. Schließlich werden die Osteichthyes durch die Knochenfische repräsentiert. Die am häufigsten vorkommenden, vertrauten Fische wie Forelle, Barsch und Barsch gehören zu den Knochenfischen.
Obwohl sich die wissenschaftliche Klassifizierung der großen Gruppen wahrscheinlich nicht ändern wird und durch zahlreiche Beweise gestützt wird, werden sich viele Aspekte der Fischtaxonomie in naher Zukunft ändern. Viele Fischgruppen sind sehr schlecht verstanden und möglicherweise nur von wenigen Exemplaren bekannt. Dies kann es schwierig machen, sie an der richtigen Stelle im Stammbaum der Fische zu platzieren.
