Die Hauptfunktion des Dünndarms besteht darin, Nahrung und Nährstoffe aufzunehmen. Wenn Nahrung in den Magen gelangt, beginnt die Säure, sie abzubauen, und einige Nährstoffe werden im Magen absorbiert. Dann gelangt die Nahrung in den Dünndarm, wo Enzyme und Natriumbikarbonat aus der Bauchspeicheldrüse einströmen, um die restliche Magensäure zu neutralisieren und die restlichen Nährstoffe abzubauen. Der Dickdarm absorbiert Wasser und produziert Fäkalien.
Der Dünndarm spielt auch eine Rolle im Immunsystem des Körpers. Die probiotische Darmflora hilft nicht nur bei der Verdauung störender Verbindungen, sie steigert auch die Immunantwort des Körpers.
Wenn Nahrung in den Dünndarm gelangt, geht der Körper mit jeder Art von Molekül anders um. Lipide werden in Fettsäuren und Glycerin zerlegt, während Proteine in Aminosäuren und Peptide zerlegt werden, um sie vom Körper leicht aufnehmen zu können. Kohlenhydrate können in einfache Zucker zerfallen, aber komplexe Kohlenhydratmoleküle können den Dünndarm relativ intakt passieren. Sobald sie den Dickdarm erreichen, werden sie von Bakterien abgebaut und als Nebenprodukt Darmgase produziert. Aus diesem Grund können Lebensmittel mit einem hohen Gehalt an komplexen Kohlenhydraten wie Bohnen zu Darmbeschwerden führen. Um diesem Effekt entgegenzuwirken, bauen spezielle Enzyme die komplexen Kohlenhydrate ab, bevor die Bakterien sie aufnehmen können, und verhindern so die Freisetzung von Gas.