Die Aufgabe des Immunsystems besteht darin, den Körper gegen infektiöse Organismen und andere Eindringlinge zu verteidigen. Dies geschieht hauptsächlich durch die Wirkung der weißen Blutkörperchen. Phagozyten zerstören nicht-native Zellen und Organismen, während Lymphozyten von Infektionen lernen und es dem Körper ermöglichen, wiederholte Infektionen leichter zu bekämpfen. Bei der Immunisierung werden Lymphozyten verwendet, um die Abwehr des Körpers gegen Krankheiten zu erhöhen, indem die Zellen trainiert werden, um geschwächte oder tote infektiöse Zellen anzugreifen.
Viele der Krankheitssymptome, die Betroffene mit einem bestimmten Virus oder einer bakteriellen Infektion in Verbindung bringen, sind in der Tat das körpereigene Immunsystem, das versucht, das System vom Eindringling zu befreien. Wenn der Körper beispielsweise die gewöhnliche Rhinovirus-Erkältung erkennt, löst er die Schleimhäute aus, um weitere Eindringlinge zu verhindern und die bereits im Körper befindlichen auszuspülen. Eine erhöhte Körpertemperatur hilft, eindringende Mikroorganismen zu schädigen, und eine verstärkte Hustenreaktion hilft, die Lunge zu reinigen. Sogar die Symptome von Durchfall sind eine Immunantwort, ein Versuch, potenzielle Schadstoffe aus dem Verdauungssystem zu entfernen.
Das körpereigene Immunsystem kann in manchen Fällen auch ein Hindernis sein. Manche Krankheiten und Allergien werden durch ein überaktives Immunsystem verursacht, das statt potenzieller Krankheitserreger körpereigene Zellen oder relativ harmlose Eindringlinge angreift. Rheumatoide Arthritis wird zum Beispiel dadurch verursacht, dass das Immunsystem auf die Gelenke abzielt und Schäden verursacht.