Wenn sich eine Person auf das Reich der Pilze bezieht, ist Pilz der korrekte wissenschaftliche Name für alle Organismen, die als Pilze klassifiziert werden. Das Reich der Pilze kann weiter in Unterreiche, Phylen, unterteilt werden und Subphyla.
Zum Beispiel enthält der Stamm der Chytridiomycota einige der am frühesten entwickelten Pilze. Ein weiterer Stamm, Zygomycota, besteht aus landlebenden Pilzen, die nur in Fortpflanzungsgebieten Septen haben. Der Stamm der Ascomycota umfasst Hefen und Schimmelpilze.
Jede Pilzart hat einen wissenschaftlichen Namen. Amanita flavoconia, eine Pilzart, gehört neben den Reichspilzen zur Ordnung Agaricales und zum Stamm der Basidiomycota.