Der Unterschied zwischen Protoplasma und Zytoplasma besteht darin, dass ersteres das Zytoplasma und den Zellkern umfasst, während Zytoplasma die halbflüssige Substanz ist, die sich unter der Zellmembran befindet. Dies bedeutet, dass der Unterschied gering ist , da sich beide Begriffe mit unterschiedlicher Genauigkeit auf ungefähr die gleichen Komponenten einer Zelle beziehen können.
Protoplasma ist ein Wort, das in der modernen Biologie aufgrund seines weitgehend ungenauen Ursprungs nicht mehr verwendet wird. Heutzutage bezieht es sich nur auf das Zytoplasma und den Kern, anstatt zu implizieren, dass Zellen nur Behälter für Protoplasma waren. Die moderne Wissenschaft hat inzwischen entdeckt, dass Zellen viel komplexer sind.
Zytoplasma ist die Substanz, die die Organellen von Zellen enthält, die einen Kern haben und die Organellen wie die Mitochondrien, den Golgi-Apparat und das Zytoskelett umgeben. Diese Komponenten sind alle Teil einer Zelle, so wie große Organismen Organe haben und lebenswichtige Funktionen für das Überleben der Zelle erfüllen. Zum Beispiel produzieren die Mitochondrien Energie in Form von Adenosintriphosphat für die Zelle, das Zytoskelett behält die Form und Struktur der Zelle bei und der Golgi-Apparat modifiziert, verpackt und sortiert Proteine für den späteren Transport zu ihren zellulären Zielen.