Eng verwandte Organismen haben trotz ihres unterschiedlichen Lebensstils oft ähnliche Strukturen in ihrem Körper. Die einfachste Erklärung für solche Ähnlichkeiten ist, dass beide Arten von einem gemeinsamen Vorfahren mit ähnlichen Merkmalen abstammen. Dies wird manchmal durch den Fossilienbestand bestätigt.
Anatomische Ähnlichkeiten zwischen verschiedenen Organismengruppen, von denen einige in einer anderen Umgebung leben als die anderen, stützen stark die Theorie der gemeinsamen Abstammung. Delfine zum Beispiel leben wie große Raubfische, aber ihre Ähnlichkeit mit Fischen ist oberflächlich. Wie alle Plazenta-Säugetiere haben Delfine Lungen und einfache Kieferknochen und tragen ihre Jungen innerlich. Die einfachste Erklärung für diese Ähnlichkeiten mit Hunden, Katzen und Primaten ist, dass Delfine mit anderen Säugetieren enger verwandt sind als mit den Fischen, unter denen sie leben. Ein weiteres Beispiel für eine analoge Anatomie über die Arten hinweg ist das Tetrapodenglied. Die Grundform dieser Struktur ist ein einzelner langer Knochen, der an einem Ende an einer Schulter und am anderen Ende an einem Ellbogen befestigt ist. Unterhalb des Ellenbogens erstrecken sich zwei kleinere Knochen zu einem Handgelenk, das in kleinen Knochen für Finger und Zehen endet. Diese Struktur ist bei Säugetieren, Vögeln, Reptilien und Amphibien universell, bei Wirbellosen jedoch unbekannt. Die sparsamste Erklärung für diese Tatsache ist, dass alle Tetrapoden von Tieren mit ähnlichen Gliedmaßen abstammen, Insekten jedoch nicht.
