Das morphologische Artenkonzept gruppiert Arten nach morphologischen Ähnlichkeiten und ignoriert andere Unterschiede wie die DNA oder die Unfähigkeit, sich zwischen Individuen zu reproduzieren. Das morphologische Artenkonzept stammt aus der Morphologie, die das Studium der physischen Aspekte eines Organismus und deren Anordnung.
Morphologie ist im Wesentlichen das Studium der Struktur der Teile von Organismen. Morphologen konzentrieren sich auf das Verständnis der Anordnung von Teilen einschließlich äußerer physikalischer Eigenschaften sowie innerer Organe, Systeme und Knochenstrukturen. Im Gegensatz zur Physiologie, die sich auf die Funktion der Teile eines Organismus konzentriert, versucht die Morphologie nur, die Teile und ihre Anordnung in verschiedenen Organismen zu verstehen und zu klassifizieren. Eine morphologische Art wird ausschließlich nach Morphologie oder Struktur klassifiziert. Nach dem morphologischen Artenkonzept würde ein Morphologe Größe, Form, Farbe und Struktur eines Organismus verwenden und ihn mit einem anderen vergleichen, um seine Art zu bestimmen. Es stimmt zwar, dass die Variation zwischen eng verwandten Organismen geringer ist als die zwischen entfernt verwandten Organismen, das morphologische Artenkonzept ignoriert jedoch einige wichtige Aspekte der Organismenentwicklung, die zur Klassifizierung von Arten verwendet werden. Einige Arten sind strukturell ähnlich, aber genetisch unterschiedliche Kreaturen. Diese Kreaturen werden als kryptische Arten bezeichnet. Nur dem morphologischen Artenkonzept folgend, würden diese Kreaturen trotz großer genetischer Unterschiede als eine einzige Art klassifiziert. Fast alle Wissenschaftler verwenden jedoch ein gewisses Maß an Morphologie, um Arten zu klassifizieren und zu unterscheiden, da physikalische Form und Struktur Schlüsselkomponenten zum Verständnis von Organismen sind.