Die Grundsubstrate für Trypsin sind laut Worthington Biochemical Corporation Nahrungsproteine. Trypsin ist ein Verdauungsenzym, das von der Bauchspeicheldrüse abgesondert wird. Trypsin trennt große Nahrungsproteine an ihren Peptidbindungen und zerlegt sie in kleinere Polypeptidketten.
Trypsin wird während der Verdauung über den Pankreasgang in den Zwölffingerdarmabschnitt des Dünndarms sezerniert. Trypsin wirkt laut der RSCB Protein Data Bank neben den Aminosäuren Lysin und Arginin hauptsächlich in großen Proteinketten. Während des gesamten Verdauungsprozesses werden diese abgetrennten Proteinsegmente weiter durch zusätzliche Verdauungsenzyme beeinflusst, die schließlich einzelne Aminosäuren produzieren. Diese kleinen Aminosäuren werden durch die Dünndarmschleimhaut und in den Blutkreislauf aufgenommen.
