Pterodactyle waren fleischfressende Kreaturen, die sich hauptsächlich von Fischen ernährten. Ihre langen Mäuler enthielten etwa 90 Zähne, sodass sie Fische leicht schöpfen und schnell in kleine, leicht verdauliche Stücke zerkauen konnten. Im Gegensatz zu dem, was allgemein angenommen wird, waren Pterodactyle eher fliegende Reptilien als Vögel, und moderne Vögel entwickelten sich nicht aus ihnen.
Pterodactyle lebten während der Jurazeit. Die großen Landmassen zerfielen in dieser Zeit in Kontinente, wodurch sich neue Ozeane bildeten, und auch große Binnenmeere waren zahlreich. Der Meeresspiegel stieg in dieser Zeit durch die Bildung von Bergen am Meeresboden deutlich an. Folglich war das Meeresleben reichlich und vielfältig und Raubtiere entwickelten sich proportional.
Pterodactyle fraßen auch kleine Reptilien und Insekten, insbesondere in ihrer Jugend, aber Fische und andere Meereslebewesen waren die Hauptnahrungsmittel. Als Aasfresser aßen sie auch tote Tiere. Sie waren komplett fleischfressend und fraßen überhaupt keine Pflanzenwelt.
Pterodactyl-Fossilien wurden in der bayerischen Region des heutigen Deutschlands in Hülle und Fülle entdeckt. Während der Jurazeit bestand diese Region hauptsächlich aus Sümpfen und Feuchtgebieten und lag am Rande eines Meeres. Pterodactyl-Fossilien wurden in vielen anderen Teilen der Welt gefunden, aber die in Bayern gefundenen Fossilien gehören zu den am besten erhaltenen.
Das in der Kreide-Paläogen-Periode aufgetretene Aussterbeereignis hatte weltweite Auswirkungen auf das Meeresleben, was bedeutet, dass die Nahrungsquellen für Pterodactyle während dieser Zeit extrem begrenzt wurden.
