Salzwasserkrokodile sind durch den Verlust ihres Lebensraums und menschliche Aktivitäten wie illegale Jagd und Wilderei gefährdet. Salzwasserkrokodile haben nur wenige natürliche Feinde, ziehen jedoch die Aufmerksamkeit des Menschen wegen ihres Fleisches, ihrer Eier und ihrer Haut auf sich. Die Konkurrenz um den Weltraum mit menschlichen Gemeinschaften und ihre Tendenz, Menschen in ihren Territorien anzugreifen, machen Salzwasserkrokodile auch zu Zielen für Tötungen durch Menschen.
Salzwasserkrokodile gedeihen in den Ozeanen und Meeren vor Südostasien, Ostindien und Teilen Australiens. Bevölkerungsgröße und Gefährdungsstatus variieren zwischen den verschiedenen Gruppen. Schätzungen gehen von 200.000 bis 300.000 Tieren aus. Trotz ihres Namens bewohnen diese Wasserlebewesen neben salzigen Gewässern auch Süßwassergebiete.
Wie viele andere Krokodilarten verlangen Menschen auf der ganzen Welt nach Teilen und Produkten von diesen Krokodilen, insbesondere ihrer Haut. Die illegale Jagd stellt trotz der Umsetzung des Rechtsschutzes weiterhin eine Gefahr für Krokodile, insbesondere in Australien, dar. Nach internationalem Recht genießen Salzwasserkrokodile Schutz durch die Einstufung in Anhang I oder Anhang II. Diese Auflistungen verbieten ihre Sammlung oder erlauben begrenzte Fänge.
Der Verlust von Lebensräumen, insbesondere in Australien, bedroht auch die Krokodilpopulationen. Sie verlieren zunehmend ihren Lebensraum durch menschliche Eingriffe und Landveränderungen, vor allem für die landwirtschaftliche Produktion. Die Umwandlung von Land in Farmen stört die Nist- und Brutgebiete der Krokodile, da diese Gebiete durch Wasserbüffel und Vieh geschädigt werden.
