Reptilien sind wichtig, weil sie eine wichtige Rolle im Nahrungsnetz spielen, als Bestäuber fungieren und Schädlinge bekämpfen. Reptilien sind für manche Tiere Raubtiere und Beute für andere, was sie zu einem wichtigen Bestandteil des Ökosystems macht .
Amerikanische Alligatoren sind eine wichtige Spezies, da sie in den von ihnen bewohnten Gebieten "Alligatorenlöcher" graben, die das einzige Wasser enthalten, das während der Trockenzeit in den Everglades verfügbar ist. Diese kleinen Wasserstellen dienen als Zufluchtsort für andere Wassertiere und als Wasserquelle für Pflanzen, Vögel und Tiere. Ein eng verwandtes Reptil, das Krokodil, gilt als Schlüsselart, da es in seinem Lebensraum einen großen Einfluss hat.
Neben ihrer Bedeutung für die Nahrungsnetze vieler verschiedener Ökosysteme können Reptilien auch viele andere wichtige Funktionen erfüllen. Einige Reptilien fungieren beispielsweise als Bestäuber. Der Blauschwanz-Taggecko bestäubt eine seltene Pflanzenart auf Mauritius. Als einziger Bestäuber ist der Gecko überlebenswichtig für die Pflanze. Reptilien dienen auch dazu, Schädlingsarten und Nagetiere unter Kontrolle zu halten, was landwirtschaftlichen Gemeinschaften zugute kommt, in denen Schädlinge Ernten zerstören können.
Obwohl Reptilien ein positiver Teil des Ökosystems sind, wird ihr Überleben durch den Menschen, den Verlust von Lebensräumen und den Klimawandel bedroht. Reptilien werden oft durch invasive Arten in Gefahr gebracht, die in eine Umgebung eingeführt werden und die Herrschaft übernehmen.